切除や凝固といった外科的治療とベセルナクリーム(抗ウイルス薬）、あるいは液体窒素による凍結治療が保険適応のある治療法となります。　　
いづれの場合も女性は婦人科　肛門の尖圭コンジローマは肛門科を受診してください。

◆切除術
局所麻酔を行って、コンジローマ部分を切除します。切除部分は、通常そのままで、消毒と軟膏を1-2週間、自宅で行っていただきます。60％程度は、1回の治療で、30％程度は1-2回の追加治療(焼灼）で終了しますが、10％程度は再発が頻回で追加治療が必要です。初診では診断と尿道炎などほかの性感染症の合併の診察をして、切除の予定を決めます。切除は大きさと数によりますが、20分前後です。 女性の場合は婦人科　肛門の場合は肛門科を受診してください。当クリニックでは対応できません。

​

◆ベセルナクリーム
週に3回、寝る前にクリームを塗って、朝、洗い流すという塗り方で、最低4週間の治療を行います。3-4ヶ月までの治療が必要なこともあります。70％に有効と言われています。陰茎と肛門周囲だけが適応で、正しく使用しないと高度の皮膚炎を起こすことがあります。尿道や肛門には適応がなく、もし使用すると副作用が強く出ます。

​

◆液体窒素凍結療法　

　綿棒を液体窒素（-196度C）に浸して、綿棒を直接尖圭コンジローマにあてて凍結します。10秒前後の凍結を数回繰り返します。その結果　直接的な細胞変性と血管変性による組織の虚血性変化が起こります。治療時には凍結による痛みがありますが、麻酔をするほどの痛みではなく治療後には痛みはなくなっています。直後は少し暗赤色に変化している程度で、1-2週間でコンジローマは黒色に変化して脱落します。　水泡やびらんを生じた場合は軟膏を使用しますが、特に切除の場合のような処置は不要で、入浴も問題ありません。

　さらに凍結壊死になった細胞の自己抗原に対して免疫反応がおこりHPVウイルス感染細胞の除去作用を生じるもといわれています。

　尖圭コンジローマの数や大きさにもよりますが、通常の診察時間内でも治療は可能です。